Велика реконструкција
Несвесно, усред Беконових триумфа, срце његово било је са философијом. Она је била дојиља његове младости, она је била његова пратиља у служби, она је била његова утеха у тамници и у срамоти. Он се жалио на рђав глас на који је, по његову мишљењу, изишла философија, и сваљивао је кривицу на неплодни схоластицизам. »Човек лако нагиње презирању истине због препирки које је окружују, и мисли да су сви у заблуди, јер се никада не могу сложити.« »Науке... готово мирују, и не доживљују проширења која би достојна била човечанства; све традиције и непрекидно постојање школа јесу само сукцесија учитеља и ученика, а не откривача ... Што се сада ради у наукама то је само окретање у кругу, и непрестано кретање, које се свршава онде где је почело.« И за време свих година свога успињања и свога узвисивања он je ковао план о рестаурацији или о реконструкцији философије: »Meditor instaurationem philosophiae.«
Он је хтео цео свој рад да концентрише на тај задатак. Пре свега, наглашава он у свом »Плану рада«, написао би неколико Уводних расправа, да стагнацију философије објасни постхуманом укоченошћу застарелих метода и да наговести своје предлоге за нове задатке. Друго, покушао би да изврши нову Поделу наука, да им одреди њихово градиво, и да сабере нерешена питања појединих подручја. Треће, приказао би своју нову методу за Интерпретацију природе. Четврто, нарочито би се посветио природној науци и испитивао Појаве природе. Пето, показао би ону Лествицу ума којом су се писци у прошлости успели до истина што ce y садашњости решавају и добивају облик из позадине средњовековне брбљивости. Шесто, покушао би да изнесе извесне Антиципације научних резултата о којима он мисли да ће их донети примена његове методе. И напослетку, као Другу (или примењену) философију, он би насликао утопију која треба да процвате из свих клица тих наука којима је он пророк. Из свега тога треба да се образује Magna instauratio, велико обновљење философије.
То је било величанствено предузеће, које — све до Аристотела —није имало никаква примера у историји. Од сваке друге философије оно би се разликовало тиме што би више тежило за практичним него ли за теориским циљевима, и више за нарочитим одређеним добрима него ли за спекулативном симетријом. Знање је моћ, а не само градиво за расправљање или украс; »оно није никакво мишљење које треба да се има, него посао који треба да се врши; и ја не радим на оснивању неке школе или неког учења, нега на основима користи и моћи.« Овде, први пут, звучи глас и тон модерне науке.